В 1995 году окончила Воронежский государственный медицинский институт им. Н.Н.Бурденко по специальности «Педиатрия». В 2003 г. защитила кандидатскую диссертацию по специальности акушерство и гинекология (14.00.01) на тему «Обоснование применения макролидов в комплексном лечении патологии беременности у женщин с хроническим токсоплазмозом», в 2008 г. защитила докторскую диссертацию по специальности системный анализ, управление и обработка информации (технические и медицинские системы) (05.13.01) на тему «Исследование, моделирование и алгоритмизация диагностики и рационального лечения патологии беременности у женщин с хроническим токсоплазмозом». Врач высшей категории. С 2014 г. до сентября 2015 г. занимала должность главного врача БУЗ ВО «Воронежская городская клиническая больница №3». С сентября 2015 г. - начальник Центра аккредитации и сертификации специалистов ВГМУ им. Н.Н. Бурденко.

Автор более 100 печатных работ, 1 монографии.
Под руководством Еньковой Е.В. защищено 2 кандидатских диссертаций. В настоящее время под ее руководством выполняется четыре кандидатские диссертации.
Область научных интересов: женское бесплодие, гинекологическая эндокринология.