Сфера научных интересов: медицинская и хирургическая онкология, молекулярная онкология, генетика рака, разработка стратегии и тактики персонализированной диагностики, лечения и реабилитации пациентов, страдающих злокачественными новообразованиями.

Является автором соавтором более 100 научных, научно-методических и учебно-методических работ, 2 монографий, 5 изобретений, 2 рационализаторских предложений, разработчиком и соавтором 5 уникальных диагностических тест-систем для диагностики минимальной остаточной болезни при солидных опухолях, действующим членом отечественных и зарубежных обществ онкологов, таких ОО БОО, RUSSCO, ESMO, ECCO.

Научная деятельность
В 2010 г. защищена диссертация на соискание степени кандидата медицинских наук на тему «Состояние гемодинамики верхней конечности больных раком молочной железы и ее коррекция» по специальности 14.01.12. – онкология (науч. руководители проф. Луд Н.Г., проф. Залуцкий И.В.)
Под непосредственным научным руководством и активным участием Е.А. Шляхтунова успешно выполнены отечественные и международные научные проекты, темы и задания в рамках государственных и отраслевых научно-технических программ, грантам Белорусского республиканского Фонда фундаментальных исследований:
ОНТП «Разработать трикотажное изделие компрессионный рукав для реабилитации больных раком молочной железы и освоить его производство» - ответственный исполнитель;
LLB-2-242 «Повышение качества медицинского обслуживания посредством использования информационных технологий для диагностики рака кожи и рака легкого» (Литва-Латвия-Беларусь 2012-2015) – проектный менеджер;
БРФФИ «Рак молочной железы и Эпштейн-Барр вирусная инфекция» (2013-2015) – научный руководитель;
БРФФИ «Молекулярно-генетическая диагностика минимальной остаточной болезни при раке молочной железы» (2015-2017) – научный руководитель;
ГПНИ «Оценить экспрессию генов опухолевой прогрессии с целью выявления минимальной остаточной болезни при раке молочной железы» (2016-2017) – научный руководитель;
ГПНИ «Изучить прогностическую и предиктивную значимость уровней экспрессии микроРНК в циркулирующих опухолевых клетках в развитии химиорезистентности у пациенток, страдающих раком молочной железы с гиперэкспрессией рецептора эпидермального фактора роста HER2-neu» (2019-2021) – научный руководитель;
ГПНИ «Выявление мутаций лекарственной резистентности у пациентов с раком молочной железы» (2021) – ответственный исполнитель.

Лечебная деятельность
Е.А. Шляхтунов являюсь ответственным за лечебную работу на кафедре онкологии с курсам ФПК и ПК. Практическая врачебная деятельность не посредственно связана с работой УЗ «Витебский областной клинический онкологический диспансер». Работает и курирует работу онкологического отделения общей онкологии. Выполняет весь объем хирургических оперативных вмешательств на молочной железе, в том числе онкопластические, реконструктивные и эстетические, а также на коже, мягких тканях и костях. Ежегодно Е.А. Шляхтунов выполняет боле 150 оперативных вмешательств в том числе и сложных. Оказывает плановую и экстренную хирургическую помощь пациентам химиотерапевтического и онкогематологического отделения, проводит плановые обходы в курируемых отделениях, консилиумы, консультации.

Правительственные награды
Вторая Премия Специального Фонда Президента Республики Беларусь; Стипендия Президента Республики Беларусь аспирантам;
Стипендия Президента Республики Беларусь молодым ученым;
Грант Президента Республики Беларусь в здравоохранении;
Почетная Грамота Министерства Здравоохранения Республики Беларусь; Почетная Грамота Государственного комитета по науке и технологиям Республики Беларусь;
Почетная Грамота Национальной Академии Наук Республики Беларусь.